BioJava

O projeto BioJava visa a criação de uma biblioca para a linguagem Java com as principais operacionalidades necessárioas na bioinformática, como a operação com formatos de arquivos, armazenamento de seqüências e alinhamentos, criação de alinhamentos e invocação de outros softwares.

Na página há tutorial, livros de receitas e também listas de discução.

Se gostas da linguagem java, recomendo utilizar a biblioteca BioJava para trabalhos em bioinformática.