Homologies

Benchmarking ortholog identification methods using functional genomics data

Neste trabalho Hulsen e colaboradores buscam avaliar a eficiência de diferentes metodologias de identificação de ortologias, através da validação dos ortólogos identificados com informações de genômica funcional.

A identificação de ortólogos tornou-se uma ferramente de uso corriqueiro na genômica comparativa e na anotação funcional de genes e genomas, devido a características particulares desta classe de homólogos.

OrthoMCL: Identification of Ortholog Groups for Eukaryotic Genomes

Artigo que descreve a identificadas de grupos ortólogos em genomas eucarionates.
A identificação destes grupos é muito importante para análises filogenéticas.

O artigo pode ser acessado aqui.

OrthoMCL-DB: querying a comprehensive multi-species collection of ortholog groups

Artigo que descreve a criação de uma banco de dados de seqüências ortólogas de 55 espécieis.
São apresentados as técnicas utilizadas para a criação deste banco e como utiliza-lo.
Recomendada a leitura para pesquisas em filogenias.

O artigo pode ser acessado aqui.

Homology assessment and molecular sequence alignment

Este artigo introduz alguns princípios de análise filogenética passando pela análise de homolgia de seqüências, alinhamentos multiplos e reconstrução de árvores filogenéticas.

Recomendado para se iniciar no assunto de filogenética.

Orthology Paralogy and a proposed classification for paralogons subtypes

Um pequeno artigo de duas página que define sucintamente genes ortólogos, paralogos e sua sub-classificao

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